Eliminatoria a doble partido. Los vencedores pasan a la tercera eliminatoria, los perdedores quedan eliminados.
31 de Mayo
Alcorcón - Alcoyano
Sabadell - Real Unión
Ponferradina - Real Jaén
Villarreal B - Lorca
7 de Junio
Alcoyano - Alcorcón
Real Unión - Sabadell
Real Jaén - Ponferradina
Lorca - Villarreal B

Cádiz C.F. y F.C. Cartagena han logrado el ascenso a Segunda División, tras eliminar a Real Unión Club y C.D. Alcoyano, respectivamente.
Además, jugarán la final para decidir el campeón de Segunda División B de la temporada 2008/2009.

Campeones de grupo de Segunda B
Eliminatoria a doble partido. Los vencedores suben directamente a Segunda División. Los perdedores pasan a la segunda eliminatoria.
17 de Mayo
Cartagena - Alcoyano
Cádiz - Real Unión
24 de Mayo
Alcoyano - Cartagena
Real Unión - Cádiz
Segundos, terceros y cuartos de los cuatro grupos de Segunda B
Eliminatoria a doble partido. Un segundo contra un cuarto y terceros entre ellos. Los vencedores pasan a la segunda eliminatoria, los perdedores quedan eliminados.
17 de Mayo
Sant Andreu - Alcorcón
Sabadell - Cultural Leonesa
Leganés - Real Jaén
Marbella - Lorca
Zamora - Villarreal B
Polideportivo Ejido - Ponferradina
24 de Mayo
Alcorcón - Sant Andreu
Cultural Leonesa - Sabadell
Real Jaén - Leganés
Lorca - Marbella
Villarreal B - Zamora
Ponferradina - Polideportivo Ejido
